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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  29 lines
  1. ********************************************************
  2. * Potexviruses and carlaviruses coat protein signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. Potexviruses and carlaviruses are plant-infecting viruses whose genome consist
  6. of a single-stranded RNA  molecule encapsided in a coat protein. The genome of
  7. many potexviruses  is known  and their coat protein sequence has been shown to
  8. be rather well conserved [1]. The same observation applies to the coat protein
  9. of a  variety  of  carlaviruses  whose  sequences  are  related  to  those  of
  10. potexviruses [2,3].  The  coat  proteins  of  potexviruses and of carlaviruses
  11. contain from 190 to 300 amino acid residues.
  12.  
  13. The best conserved region  of  these coat  proteins  is located in the central
  14. part and can be used as a signature pattern.
  15.  
  16. -Consensus pattern: [RK]-[FY]-A-[GAP]-F-D-x-F-x(2)-V-x(3)-[GAST](2)
  17. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  18.  for the coat protein of Foxtail Mosaic Virus (FMV).
  19. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  20. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  21.  
  22. [ 1] Abouhaidar M.G., Lai R.
  23.      J. Gen. Virol. 70:1871-1875(1989).
  24. [ 2] Mackenzie D.J., Tremaine J.H., Stace-Smith R.
  25.      J. Gen. Virol. 70:1053-1063(1989).
  26. [ 3] Henderson J., Gibbs M.J., Edwards M.L., Clarke V.A., Gardner K.A.,
  27.      Cooper J.I.
  28.      J. Gen. Virol. 73:1887-1890(1992).
  29.